En los primeros años del siglo XX, San Juan dependía de una acequia para obtener agua. En 1940, se instaló la primera cañería, utilizando tubos galvanizados donados por el gobierno. La instalación, que costó alrededor de 7000 colones, implicó el traslado de los tubos en bueyes desde Alajuela hasta la comunidad, con la mano de obra aportada por la misma comunidad. Este acueducto benefició a unas 40 casas, llegando hasta la Escuela de San Juan y extendiéndose a San Luis.

En ese entonces, la administración del Acueducto estaba a cargo de la Municipalidad de Grecia, con Francisco Hidalgo y Rudecindo Hidalgo como los primeros fontaneros del acueducto. En los años setenta, alrededor de 1975, la comunidad decidió asumir el control del Acueducto, formando un comité administrador vinculado a la Asociación de Desarrollo Integral y Comunal de San Juan.

El 7 de marzo de 1981, el comité decidió ampliar la tubería, beneficiando al área entre la Escuela de San Juan y el Río Sarchí. Con el tiempo, la tubería galvanizada alcanzó su vida útil, lo que provocó el deterioro del servicio de agua. En enero de 1991, se inició el cambio de tuberías de galvanizado a PVC mediante una partida específica otorgada por la comunidad.

El 15 de octubre de 2002, se estableció la Asociación Administradora del Acueducto Rural de San Juan de Grecia, obteniendo su propia personería jurídica e independizándose de la Asociación de Desarrollo Integral Comunal de San Juan. En la actualidad, la Asociación cuenta con su propia oficina, bodega de almacenamiento y dos sistemas de distribución que atienden a alrededor de 630 abonados, mayormente casas, con una población aproximada de 2500 habitantes. La gestión administrativa está a cargo de Lizeth Arias Segura, mientras que la operativa la supervisan Gerald Castro Cruz y Victorio Rodríguez Chacón. Todos los abonados cuentan con medidores, y se aplica la tarifa establecida por la Autoridad Reguladora de los Servicios Públicos para el rango de más de 500 abonados.